İhsan Doğramacı Vakfı Özel Bilkent Laboratuvar Okulları Kurum Yönetmeliğine göre, Okul Yönetim Kurulu; Rektör, Eğitim Fakültesi Dekanı, Eğitim Bilimleri Enstitüsü Müdürü, Genel Müdür ve Okul Müdürleri ile eğitim-öğretim yılı başında rektörlükçe belirlenen iki üyeden oluşur. Rektör, yönetim kurulunun doğal başkanıdır. Rektörün bulunmadığı toplantılarda yerleşkedeki Eğitim Fakültesi Dekanı, dekanın bulunmadığı durumlarda Enstitü Müdürü Yönetim Kurulu’na başkanlık eder. Kurul toplantılarına, toplantı konusuna göre eğitim-öğretimle görevli diğer görevliler de çağrılır, görüş bildirir ve oylamaya iştirak eder.